问：个人在进行年所得12万元以上自行申报时，应如何计算工资薪金所得的年所得，是否可以扣除每月3500元的费用？
答：根据《国家税务总局关于印发〈个人所得税自行纳税申报办法（试行）〉的通知》（国税发〔2006〕162号）第八条第一款规定，工资、薪金所得的年所得，按照未减除费用及附加减除费用的收入额计算。
因此，个人在进行年所得12万元以上自行申报时，计算工资薪金所得的年所得按照未减除费用及附加减除费用的收入额计算，不得扣除每月3500元的费用。